Лошади породы Кисо известны в Японии уже в течение одной тысячи лет и используются в сельском хозяйстве в качестве упряжных и тягловых животных. Точное происхождение Кисо до конца не известно. Они, полагается, ведут свой род либо от плоскогорных лошадей Средней Азии, либо от монгольских степных лошадей.
Лошади этой породы имеют экстерьер весьма подобный на тарпана. Большинство лошадей Кисо имеют темную полосу вдоль спины. Эта характеристика – индекс чистоты породы. Высота в холке 132 см. Масти – все основные.
А Японии лошадей использовали и в военных целях. По историческим документам известно, что в 12-ом веке воин Яшинака Кисо имел 10000 конных солдат.
Во время Второй Мировой войны была принята правительственная программа, в ходе которой всех жеребцов породы Кисо следовало стерилизовать. И как следствие этому, почти все племенные жеребцы были кастрированы. Это был самый драматический момент в истории этой породы, потому что лошадей Кисо традиционно рассматривали как отличных военных лошадей.
Ныне существующая порода Кисо ведет свою родословную главным образом от единственной лошади, уцелевшей в храме Шинто как святая лошадь и поэтому не кастрированной. От этого жеребца по кличке Шинмий и кобылы Кайама в 1951 году родился жеребенок Даи-сан Аруйяма. Эта лошадь стала последней из чистых Кисо.
Теперешняя порода Кисо – вновь восстановленная порода от потомков Даи-сан Аруйяма и других уцелевших Кисо. Сейчас в Японии есть некоторые ранчо, которые специализируются на разведении Кисо и других японских лошадей.